أمر الوزير الخائن شاور بن مجير السعدى جنوده فى يوم 22 نوفمبر عام 1168 ميلاديًا بإحراق الفسطاط، أعظم حاضرة إسلامية عرفتها الإنسانية. وحسب ما رواه المؤرخ ابن الأثير فإن النيران ظلت مشتعلة فى الفسطاط 54 يومًا وقد أتت على معظم عمائر وأحياء الفسطاط بما فيها جامع عمرو بن العاص الذى احترق منبره ومحرابه. احترقت الفسطاط بكنوزها وذخائرها، ولم يوقف احتراقها تقدم الصليبيين الذين قاموا بحصار أسوار مدينة القاهرة التى لم ينقذها سوى قدوم جيش نور الدين محمود مرة أخرى بقيادة أسد الدين شيركوه وابن أخيه صلاح الدين الأيوبى. وبمجرد أن علم عمورى قائد جيش الصليبيين بقدومهما حتى أسرع بالانسحاب خشية أن يتم حصاره بين جيش نور الدين محمود وسكان القاهرة. وبعدما دخل أسد الدين شيركوه وصلاح الدين الأيوبى إلى القاهرة تم عزل الوزير شاور والقبض عليه وإعدامه فى يناير عام 1169 ميلاديًا بعد أن تسبب بخيانته وحماقته فى ضياع أعظم حاضرة إسلامية، بعدها بأسابيع قليلة يموت الوزير شيركوه ويتولى صلاح الدين منصب الوزير ليقوم بإنهاء حكم الفاطميين وبداية عصر الدولة الأيوبية فى مصر. ويبقى السؤال: ما الذى حدث بعد ذلك للفسطاط؟

أصبحت الفسطاط خرابًا، وأخذ أهل القاهرة يأخذون منها ما يصلح من مواد البناء. بعدها وتحديدًا فى نهاية القرن الثانى عشر الميلادى تتحول الفسطاط إلى موضع للتخلص من القمامة ومخلفات مدينة القاهرة وضواحيها بعد اتساعها الهائل خلال العصر الأيوبى (1171– 1250م). هل يمكن تخيل أن كنوز الفسطاط ظلت دفينة أسفل أطنان من النفايات والمخلفات لقرون عديدة حتى أوائل القرن التاسع عشر لتكتمل فصول المأساة؟! فقد تحولت خرائب الفسطاط إلى ركام من المواد العضوية المتحللة بفعل مئات السنين، وقد تحولت إلى سباخ عضوى يأخذه الفلاحون لتسميد أراضيهم.. فى حين ترقد ثروات من التحف الأثرية تحت بقايا البيوت المتهدمة والمحترقة! استمر تجار السباخ فى نقله من الفسطاط وبيعه للفلاحين ومعهم استمر النباشون فى نهب الكنوز المطمورة تحت أطلالها. والنتيجة تسرب آلاف التحف الأثرية إلى تجار الآثار الأجانب الذين كانوا قد وفدوا إلى مصر لتجريفها من تاريخها وآثارها! لقد زينت التحف الأثرية المنهوبة من الفسطاط متاحف أوروبا والمجموعات الخاصة بقصور النبلاء والأثرياء قبل أن ينتبه عالم الآثار المصرى على بهجت، وكيل دار الآثار العربية، سنة 1912، إلى خطورة ما يحدث فى الفسطاط من أعمال نهب وسرقة. بدأ على بهجت ومساعده الفرنسى ألبرت جابريل أعمال الحفر والتنقيب فى الفسطاط فى صيف 1912 بموافقة لجنة الآثار العربية التى كانت تشرف على إدارة المتحف الذى يُعرف كذلك بدار الآثار العربية، النواة الأولى لمتحف الفن الإسلامى الآن. الغريب أن بهجت ومساعده لم يعثرا فقط على آلاف التحف الأثرية تحت أطلال المدينة بل كشفا عن جزء من الفسطاط وعدد من منازلها بتخطيطها الأصلى البسيط؛ عبارة عن فناء مكشوف يتوسط غرفًا متوسطة الاتساع، ويحتوى كل بيت على قاعة كبيرة مستطيلة. وقد كشفت بقايا البيوت أنها كانت مبنية بالآجر بشكل جيد ومزودة بالمرافق الصحية وأنابيب المياه الجارية. ولم تكن تزيد على طابقين، وذلك على الأقل فى الجزء أو الحى الذى تم الكشف عنه، حيث نعرف مما ذكره المؤرخون الرحالة الذين زاروا الفسطاط وأقاموا بها أنه كانت توجد بها منازل فخمة ترتفع إلى ستة طوابق، وفنادق ضخمة وخانات ومساجد ودور للعلم.

لفتت حفائر المرحوم على بهجت الأنظار إلى أهمية الفسطاط التى تغنى المؤرخون بجمال منازلها وقصورها وبساتينها التى تحيط بالمدينة وطرقاتها وأسواقها ومتاجرها ومصانعها وحماماتها.

كان من نتائج حفائر على بهجت تنظيم وتحديد أعمال تجار السباخ، وتم إصدار تراخيص منظمة لعملهم. واستطاع بهجت تحجيم أعمال النهب والسلب المنظمة لكنوز الفسطاط وتهريبها إلى تجار الآثار. بالإضافة إلى الكشف عن كنوز من أعمال النسيج، والأخشاب، والخزف، والفخار، والزجاج والمعادن التى ملأت خزائن وردهات دار الآثار العربية. فما كان من أعضاء لجنة حفظ الآثار العربية سوى الهجوم الضارى على المرحوم على بهجت ومساعده الفرنسى بدعوى امتلاء المخازن بالتحف الأثرية وتركها بدون تسجيل، فى حين دافع كل من عالم الآثار الإنجليزى الشهير كارمون كريزويل وهارى فارنر أعضاء لجنة حفظ الآثار العربية عن على بهجت باعتباره الأثرى الذى أنقذ ثروات الفسطاط التى ظلت تنهب عن طريق تجار السباخ والنباشين لعشرات السنين. وفى عام 1920 تم إيفاد بهجت إلى باريس فى مهمة علمية قام خلالها بإعداد كتابه الأول عن حفائر الفسطاط وزوده بكتالوج نادر للصور يوثق أعمال الحفر والتنقيب. وقد صدر فى باريس باللغة الفرنسية سنة 1921، وترجم بعدها للعربية.

أما الكتاب الثانى عن الخزف الإسلامى فقد عكف بهجت على إعداد مادته وهو فى باريس وعاد بها إلى القاهرة سنة 1924 لكنه لم يُنشر إلا سنة 1930، وذلك لأن على بهجت كان قد انتقل إلى رحمة الله فى مارس سنة 1924 بعد أيام قليلة من عودته إلى مصر.