كل من ذهب فى بعثة وعاد منها فى عصر محمد على ظل قريباً من قصر الحكم طيلة رحلة عمله، وبقى مصيره مرتبطاً بالسلطة التى تحكم وقتها وموقفها منه، وكذلك كانت الحال مع الدكتور محمد على البقلى الملقب بـ«الحكيم».

فخلال السنوات الأخيرة من حكم محمد على والتى تعاصرت مع عودته من البعثة إلى فرنسا، أنعم الوالى عليه برتبة بكباشى، وعينه «باش جراح» بمستشفى «قصر العينى»، لكن الأمر اختلف بوصول الحكم إلى عباس حلمى الأول، إذ يشير «جرجى زيدان» إلى أن خلافاً وقع بين محمد على الحكيم، وبعض أطباء المستشفى الأوروبى، أدت إلى إبعاد «الحكيم» عن مستشفى «قصر العينى» ليعمل فى «ثُمن قوصون».

 والواضح أن «الحكيم» ظل فى هذه الحالة من النفى الوظيفى طيلة فترة حكم عباس الأول، فقد ظل يعمل فى الثُمن 5 سنوات متصلة هى تقريباً كل فترة حكم عباس، التى لم تزد على 6 سنوات، واختلفت الأمور بعد ذلك حين تولى الخديو «سعيد باشا» حكم البلاد، فتم إخراجه من «ثُمن قوصون» وتعيينه رئيساً لأطباء الآلايات السعيدية. يقول جرجى زيدان فى كتابه «تراجم مشاهير الشرق فى القرن التاسع عشر»: «لكنه لم يمكث فى هذا المنصب إلا قليلاً، فاعتزل المناصب ولزم بيته سنة».

والواضح أن الرجل لم يعتزل المناصب، بل تم إبعاده عنها، وأنه تركها مضطراً، نتيجة غضب غير مفهوم الأسباب من جانب السلطة عليه، فما إن رضى عنه «الخديو سعيد» حتى ظهر من أوغر صدره عليه، والواضح أن أطباء المستشفى الأوروبى لعبوا دوراً فى هذا السياق من جديد، لكن غضب السلطة على «الحكيم» لم يطُل هذه المرة، فبعد سنة جلس فيها الرجل فى بيته صدر أمر بتعيينه رئيساً لجراحى مستشفى «قصر العينى» ووكيلاً للمستشفى والمدرسة الطبية، وأنعم عليه سعيد باشا برتبة «أمير ألاى»، والأهم من ذلك أنه أصبح الطبيب الخاص للخديو سعيد، وكان يسافر معه، ويصحبه أينما حل.

بدا الدكتور محمد على الحكيم فى علاقته بحكام الدولة العلوية أشبه بالجالس على أرجوحة بعد وفاة الخديو سعيد، فقد رفعه الخديو إسماعيل إلى مرتبة أعلى مما كان فى عصر سعيد، فعينه رئيساً لمستشفى «قصر العينى» والمدرسة الطبية. كان ذلك عام 1874.

وفجأة وبدون سابق إنذار اختفى «الحكيم» من المشهد. يقول «جرجى زيدان»: «وفى آخر عام 1290 هجرية -1874 م- لزم بيته وانقطع عن الأعمال، ولم يُعلم سبب ذلك». والمسألة لا تحتاج اجتهاداً لفهمها، فقد تم استبعاد «الحكيم» من مواقعه الوظيفية، وطُلب منه أن يجلس فى بيته من جانب السلطة الخديوية فأطاع، ولم يكن له إلا أن يطيع ما صدر إليه من أوامر.

انقلبت عليه السلطة التى كانت تحكم مصر فى ذلك الوقت، وقد يكون السبب فى ذلك أيضاً هو كيد الأطباء الأوروبيين له، لأن كل رموز السلطة العلوية فى مصر كانوا أميل للأجانب عن المصريين.. وكانوا لا يحتاجون المصريين، إلا وقت التضحية، وقد حدث ذلك بالضبط مع الدكتور محمد على الحكيم فى المشهد الختامى فى حياته.